Na Clealco, nenhum resíduo de origem líquida ou sólida são lançados sobre os corpos d’água. As embalagens vazias de defensivos agrícolas são recolhidas, armazenadas e direcionadas aos postos de recebimento específicos. A vinhaça é utilizada nas práticas de fertirrigação. A torta de filtro é aplicada na adubação das lavouras. O bagaço da cana é aproveitado nas caldeiras para a produção de energia elétrica.

A Clealco conta ainda com estação de tratamento de esgoto própria, constantemente monitorada pelos órgãos ambientais competentes.